सीमैप का औषधीय रसायन विभाग अपने उत्कृष्ट अनुसंधान के लिए राष्ट्रीय और अन्र्तराष्ट्रीय स्तर पर अपनी अच्छी पहचान रखता है। इस विभाग के वैज्ञानिक बहुत योग्य तथा अनुसंधान के प्रति दृढ़ प्रतिबद्धता से प्रेरित है। औषधि विभाग के अन्तर्गत निम्न उनुसंधानो पर कार्य किया जाता है।

1 जैविक गुणों को आधार बनाकर पेड़-पौधों तथा अन्य प्राकृतिक स्रोतो पर क्रमबद्ध तरीके से अनुसंधान करके जैविक क्रियाषील अणुओं/यौगिको को उनके शुद्ध रूप में अलग करना, उनकी रासायनिक संरचना की पहचान करना।

2 मात्रात्मक संरचना का जैवक्रियाषीलता से सम्बन्ध तथा डाकिंग निर्देशित दवाओं को डिजाइन करना। यौगिको को इष्टतम उपयोगी बनाना;प्राकृतिक औषधीय योगिको को बडे़ पैमाने पर अलग करके उत्कृष्ट अैर नये तरीको क विकास करना। सीमैप द्वारा नई लोकार्पित संगन्धित पौधों की प्रजातियों तथा नये एवं क्रम अन्बेषित संगन्धित पौधों का रायायनिक विष्लेष्ण करना। इस विभाग के प्रमुख अनुसंधान कार्यक्रम बहुविभगीय (रासयन-जैवसूचना-जीवविज्ञान)- सहभागिता पर आधारिकत है। अनुसंधान का प्रमुख केन्द्र बिन्दु प्राकृतिक अणुओं/यौगिको का अर्ध-संष्लेषिक विधि द्वारा ऐसे व्युत्पन्न/अनुरूप योगिकों में परिवर्तित करना है। जिनमें कैसररोधी, प्र्रतिरक्षित प्रेरक, यकृत रक्षक मलेरियारोधी, सूजन को कम करने वाली क्रियाषीलता हो।

विभाग में पढ़ाई और अनसंधान दोनो के लिए बहुत ही अनुकूल वातावरण है। शोध छात्र एवं छात्राएं विद्यावाचस्पति (डारक्टरेट) की उपाधि के लिए अपना पंजीकरण एकेडमी आफ साइंटिफिक एण्ड इन्नोवेटिव रिर्सर्च (AcSIR) या जवाहर लाल नेहरू विष्वविद्यालय, नई दिल्ली से करा सकते है। विभाग के पास औषधि संवर्धन तथा औद्योगिक सहभागिता में नये आने वाले अनुसंधान क्षेत्रों में शोध के लिए हर आवश्यक क्षमता और महत्वपूर्ण उपकरण मौजूद है। काफी हद तक विधि सरकारी और औद्योगिक प्रामोजित परियोजनाओं द्वारा प्राप्त की जाती है। तथा विभिन्न क्षेत्रों में अनुसंधान बहुत बिषयक केन्दित है; जैसे औषधि रसायन, प्राकृतिक उत्पाद रसायन, संष्लेषिक रसायन तथा प्रथकीकरण प्रणाली विकसित करना।