प्लांट पैथोलॉजी विभाग का उद्देश्य फंगल, बैक्टीरिया, वायरल,फाइटोप्लाज्मा एंव एर्गट उत्पादन से होने वाली संभन्धित जानकारी देना है । विभाग पारम्परिक और आणविक माध्यम से रोगों की महामारी विज्ञान और एटियलॉज़ी पर विस्तार से अध्ययन करता है। हम संक्रमण की प्रतिक्रिया पोषितजीव द्वारा पीआर प्रोटीन और संश्लेषण के द्वारा फाइटोटेक्सिन और एंजाइम के उत्पादन, पृथक्करण और लक्षण वर्णन के माध्यम से संवेदनशीलता और प्रतिरोध की क्रियाविधि को समझने की कोशिश करते हैं। विभाग का उद्देश्य जैव उर्वरकों और बायोपेस्टीसाइड के विकास के लिए लाभकारी रोगाणुओं की क्षमता और उपयोग का भी पता लगाना भी है । विभाग वर्तमान में किसानों और उद्यमियों के लिए निदानकारी किट, बायोएनोकुलंट्स, वनस्पति और रसायन के उपयोग के द्वारा रोगों के प्रबंधन पर काम कर रहा है इसके अलावा, विभाग भंडारण के कीड़े, फसल के कीड़े और सार्वजनिक स्वास्थ्य महत्व के कीटनाशकों के खिलाफ बायोएक्टिव फाइटोकेमिकल्स की खोज कर रहा है।