विभाग का अनुसंधान लक्ष्य रोगाणुओं ,एमएपी, और पर्यावरण में उनकी परस्पर क्रिया को समझना है,ताकि प्रभावी दृष्टिकोण द्वारा पौधे की बीमारी को नियंत्रित किया जा सके और लाभकारी दृष्टिकोण को अधिकतम किया जा सके। यह विभाग पोषित-परजीवी संबंधों के मौलिक अध्ययनों से लेकर पुदीना, अफीम, कालमेघ, अश्वगंधा, जिरेनियम, सुगंधित घास आदि जैसे महत्वपूर्ण एमएपी पर रोग नियंत्रण के अधिकतर अध्ययनों से लेकर अच्छी तरह से संतुलित अनुसंधान कार्यक्रम चलाता है। वायरल, फंगल और जीवाणु रोगों के नियंत्रण के क्षेत्र में विभाग का एक मजबूत शोध इतिहास रहा है । इसमें नवीनतम तकनीकों और स्वस्थ रोपण-सामग्री का उपयोग करके पौधों के स्वास्थ्य के प्रबंधन के बारे में उत्पादकों और इसके अतिरिक्त किसानों को शिक्षित करने के लिए प्रसार कार्यक्रम भी शामिल हैं। इसके अलावा, यह विभाग छात्रों के लिए पौधे रोग विज्ञान में कई स्नातक और स्नातकोत्तर स्तर के पाठ्यक्रम / प्रशिक्षण भी प्रदान करता है।

वर्तमान में यह विभाग अचानक मृत्यु सिंड्रोम (एसडीएस), एन्थ्रेक्नोज, लीफ स्पॉट और विल्ट्स पर विशेष जोर देने के साथ महामारी विज्ञान और विभिन्न कवक रोगों के नियंत्रण पर काम कर रहा है। वर्तमान शोध में रोटेशन के प्रभावों, बीमारी और बीमारी के विकास पर उपज, कल्टीवर प्रतिरोध, और नियंत्रण मापन के लिए उपयुक्त कवकनाशक के उपयोग पर पर्यावरणीय कारक पर जांच शामिल है। हालांकि प्राकृतिक संसाधनों (सगंध तेल आदि) के रोगों के प्रबंधन के लिए अधिक प्रयास किए गए हैं। विभाग भू-भौतिक कारकों और स्थायी कृषि पद्धतियों के प्रभाव पर, राइजोकटोयोनिया सोलानी, थिलीविओप्सिस बेसिकोला, और पिथियम spp सहित मिट्टी से उत्पन्न पौधों के पारिस्थितिकी पर भी केंद्रित है। विभाग में अंकुर विकास और उपज पर पुराने रोगों के महत्व की भी जांच हो रही है। वर्तमान में वैज्ञानिक जैव-इनोकुलेंट्स जैसे पर्यावरण के अनुकूल संपर्क क्रिया से पौधे की बीमारियों का प्रबंधन करने की संभावनाएं तलाश रहे हैं। पौधों में मौजूद प्राकृतिक यौगिकों और सगंध तेलों की जैव उर्वरकों और जैव नियंत्रण एजेंटों के रूप देखने की कोशिश की जा रही हैं।

पिछले दशक में कई नये वायरस समूह सामने आये हैं जिससे औस फसलों पर काफी हानि हुई है। उदाहरण के लिए, पुदीना, कालमेघ, तुलसी आदि की पत्ती कर्ल रोग से जुड़ी begomovirus। विभाग के अनुसंधान का एक लक्ष्य वायरस के समूहों की महामारी को समझना और रोग प्रभाव को कम करने के लिए पारंपरिक और कीट प्रबंधन रणनीतियों को लागू करना है। अंततः विभाग एक आईपीएम प्रोग्राम के विकसित करने में लगा है जो रासायनिक इनपुट और उपज नुकसान को कम करेगा। रिवर्स आनुवंशिकी पर आधारित एक दृष्टिकोण भी है, जिससे वायरस RNA को हस्तक्षेप के लिए वैक्टर के रूप में उपयोग किया जाता है। प्रजनकों के सहयोग से रोग के विकास और प्रतिरोध में शामिल जीन की पहचान भी एक लक्ष्य है। इससे तकनीकों के विकास में मदद मिलेगी, जो कि फसल की पैदावार और स्वास्थ्य के सुधार के लिए जीन की पहचान की अनुमति देगी। बड़े पैमाने पर अनुक्रमण (sequencing) और कस्टम-निर्मित बायोइनफॉरमैटिक पाइपलाइनों का उपयोग करना, वायरस / कवक का पता लगाने में मदद करता है जो एक फसल को संक्रमित करता है, लेकिन इससे भी ज्यादा महत्वपूर्ण यह है कि नए वायरस अज्ञात एटियलजि के रोगों से जुड़े हैं। संक्रमित MAP's द्वारा सेकेंडरी मेटाबोलोइट के उत्पादन पर एबियोटिक और जैविक दबाव की भूमिका भी विभाग जांच के अधीन है।

पिछले अनुभव से पता चलता है कि फायटोप्लाज़्मा एमएपी के लिए एक नए खतरे के रूप में उभर रहा है और बायोमास को भारी नुकसान कर रहा है। एमएपी से कुछ नए फायटोप्लाज़्मा पृथक और चिन्हित किये गये है। विभाग ने सीएसआईआर, डीबीटी, यूपीसीएसटी और यूपी जैव विविधता बोर्ड की कई प्रायोजित परियोजनाओं को भी सफलतापूर्वक पूरा किया है।